安徽醫科大學為安徽省省屬重點大學，前身是1926年5月創辦于上海的私立東南醫科大學。1930年更名為東南醫學院。1949年底響應華東局“面向農村，走向內地”的號召，內遷安徽懷遠，成為安徽省第一所高等醫科院校。1952 年遷址合肥，改名為安徽醫學院。1986年經安徽省人民政府批準，更名為安徽醫科大學，1996年得到原國家教委同意。獲批成為教育部、國家衛生計生委與安徽省人民政府共建高校。學校位于安徽省會合肥市，校園環境優美，交通便利。

學校將現代著名教育家蔡元培先生為學校前身東南醫學院師生的題詞“好學力行，造就良醫”確立為校訓，弘揚“愛國愛民，獻身人類健康”的光榮傳統，秉承“興國、奉獻、仁愛”的育人理念，倡導踐行“求真、求精、求新”的校風學風，致力于建設高水醫科大學。
學校現有基礎醫學院、公共衛生學院、口腔醫學院（安徽省口腔醫院）、衛生管理學院、生命科學學院、護理學院、藥學院、馬克思主義學院、國際教育學院、公共基礎學院、研究生學院、成人教育學院（繼續教育學院）、臨床醫學院、第一臨床醫學院（第一附屬醫院）、第二臨床醫學院（第二附屬醫院）、巢湖臨床醫學院（附屬巢湖醫院）、第四臨床醫學院（第四附屬醫院）、醫學檢驗系、醫學影像系、麻醉學系、醫學心理學系、醫學美容系等直屬教學機構。

學校擁有5所直屬附屬醫院（第一附屬醫院、第二附屬醫院、第四附屬醫院、附屬巢湖醫院、附屬口腔醫院??安徽省口腔醫院），6所非直屬附屬醫院（附屬省立醫院、第三附屬醫院??合肥市第一人民醫院、附屬合肥醫院??合肥市第二人民醫院、附屬安慶醫院??安慶市立醫院、附屬六安醫院??六安市人民醫院、附屬宿州醫院??宿州市立醫院），與合肥市共建附屬阜陽醫院。學校堅持開放、合作、共贏的方針，與軍事醫學科學院、清華大學、中科院合肥物質研究院、香港大學等建立戰略合作伙伴關系，并在解放軍北京軍區總醫院、空軍總醫院、海軍總醫院、武警總醫院、解放軍306醫院、解放軍307醫院、新疆自治區人民醫院等建立臨床學院，目前臨床學院達60余所，各專業實踐教學基地120余所，分布于安徽省各地市及北京、上海、江蘇、山東、浙江、廣東、福建、新疆等省市區。
學校設有臨床醫學（“5+3”一體化）、臨床醫學（五年制）、口腔醫學、預防醫學、生物技術、護理學、公共事業管理、藥學、中藥學、醫事法學、食品質量與安全、臨床藥學、生物醫學工程等28個本科專業。擁有臨床醫學、藥學2個博士學位授權一級學科點， 26個博士學位授權學科點，擁有臨床醫學博士專業學位授予權，有10個碩士學位授權一級學科點，74個碩士學位授權學科點。建立了藥學、臨床醫學、公共衛生與預防醫學3個博士后科研流動站。皮膚病與性病學為國家重點學科，中藥藥理學、中醫腫瘤病學為國家中醫藥重點學科，有12個國家臨床重點專科，19個省級重點學科，42個省級臨床醫學重點學科和重點扶持學科；建有1個科技部省部共建國家重點實驗室培育基地，2個教育部重點實驗室、25個省部級（重點）實驗室（工程技術研究中心、科技公共服務臺、國際科技合作基地、人文社科研究基地），是國家藥品臨床研究基地。有1個教育部科技創新團隊，2個安徽省科技創新團隊，2個安徽省“115”產業創新團隊，3個安徽省高校科研創新臺團隊，1個安徽省高校智庫。躋身國家“中西部高校基礎能力提升工程” ，是國家級大學生創新創業訓練計劃承擔高校。有4個國家級高等學校專業建設點，2個國家級專業綜合改革試點，3個國家級卓越醫生教育培養計劃項目；1個國家級教學團隊；2個國家級精品課程和精品資源共享課程；2個國家級實驗教學示范中心,1個國家級虛擬仿真實驗教學中心；1名國家“”教學名師。1門課程入選教育部來華留學英語授課品牌課程。獲得國家級教學成果二等獎一項。

在職教職工1400余人（含直屬附屬醫院教學職稱人員），專任教師隊伍中具有博士、碩士學位的教師占89.5%。現有國家“百千萬人才工程”，“新世紀優秀人才”，教育部骨干教師，衛生部、人事部突出貢獻中青年專家，全國首批青年拔尖人才，“”，“皖江學者”特聘教授，高校領軍人才等30人次，安徽省高校引進領軍人才團隊4個。省部級創新團隊6個。有24人次在國際學術組織和SCI源期刊任職， 5人次擔任國家“十一五”、“十二五”規劃教材主編。3人擔任國家級專科學會主委，1人在亞洲學術組織擔任主席，9人入選教育部高校醫藥學科指導委員會專家。10多人獲得全國、全省模范教師、優秀教師光榮稱號。
全日制在校生共14000余人，其中研究生3700余人，留學生360余人。2011年以來，學校共承擔 “973”計劃、國家科技支撐計劃、國家科技惠民計劃和國家自然科學基金項目等470余項。國家自然科學基金立項數年來保持安徽省屬高校領先地位。研究成果分別入選2010、度中國科學十大進展和2012年度中國高校十大科技進展。獲國家科技進步二等獎一項、教育部高等學校科學研究優秀成果獎（科學技術）自然科學類一等獎一項、中國青年科技獎二項、中華醫學科技獎一等獎三項、中華醫學科技獎醫學科普獎和衛生管理獎各1項。持續有重大原創性基礎研究成果產出，先后在《細胞》、《新英格蘭醫學雜志》、《自然遺傳》等國際著名SCI刊物發表多篇高水研究論文。
學校成立84個省、校級研究所。編輯出版的國家級及面向全國發行的期刊有《安徽醫科大學學報》、《中國藥理學通報》、《臨床與實驗病理學雜志》、《中華疾病控制雜志》等14種。
學校藏書120萬余冊。學校圖書館是全國生物醫學文獻資源共享網絡安徽省級中心館，為安徽省高校數字圖書館醫學分中心、教育部科技查新工作站。
學校同德國、澳大利亞、瑞典、美國、加拿大、日本、韓國以及臺灣、香港地區的高等院校廣泛開展合作交流，雙方互派專家學者、互派學生、相互交流信息資料、共同開展人才培養和科研合作。