貴州醫科大學原名“貴陽醫學院”，其前身是1938年國民政府批準創建的“國立貴陽醫學院”。創建之初主要以當時的北京協和醫學院、清華大學、北京醫科大學、浙江醫科大學、湘雅醫學院、武漢大學、中山大學醫學院、華西大學、上海醫學院、中央大學、北大學醫學院等30多所高校的部分師生為基礎組建而成，是當時全國最早直屬國民政府教育部的9所國立高等醫學院校之一，也是貴州第一所正規的高等學校、貴州最早的國立大學。

1950年“國立貴陽醫學院”劃歸貴州省人民政府管理并更名為“貴陽醫學院”；1965年貴陽醫學院中醫系劃離另行組建“貴陽中醫學院”。1981年成為全國首批碩士學位授予單位，1985年成為全國首批“免試推薦優秀應屆本科畢業生攻讀碩士學位”單位，1997年成為全國首批“在職人員以研究生畢業同等學力申請碩士學位”單位，2003年成為貴州省唯一的醫學博士學位授予單位，2006年成為貴州省省屬重點大學，2009年獲批一級學科博士后科研流動站，2011年獲批基礎醫學一級學科博士點，2012年成為全國首批“卓越醫生教育培養計劃”試點高校，2012年成為全國首批“中西部高校基礎能力建設工程”（“中西部100所”或“小211工程”）重點建設大學，2013年成為貴州省首批“2011計劃”認定單位，4月更名為“貴州醫科大學”。