上海中醫(yī)藥大學創(chuàng)立于1956年，是新中國誕生后國家首批建立的四所中醫(yī)高等院校之一。1993年上海中醫(yī)學院更名為“上海中醫(yī)藥大學”，是全國高等中醫(yī)院校中最早升格為大學的院校之一。2000年原上海醫(yī)學高等專科學校并入我校。2003年為實施上海市高校布局調(diào)整規(guī)劃，學校整體搬遷至浦東張江高科技園區(qū)，成為“張江藥谷”的重要組成部分。

學校各類在校生有7400余人，其中博士生349人、碩士生827人、本專科生（包括高職）4671人，成人教育987人，長期外國留學生588人，短期留學生每年600余人次，境外學生占本科人數(shù)總數(shù)達13.26％。

學校設(shè)有19個二級學院及部、中心，5所附屬醫(yī)院，19家醫(yī)教研聯(lián)合體醫(yī)院，14個附屬及共建研究所，9個研究中心；擁有中醫(yī)學、中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)學、中藥學3個一級學科博士學位授予權(quán)，15個博士點，23個碩士點，3個博士后流動站，博士學位授予專業(yè)覆蓋全部中醫(yī)藥學科；本、專科專業(yè)（方向）28個；繼續(xù)教育的本、專科專業(yè)9個。

1999年學校順利通過了首批國家教育部本科教學工作優(yōu)秀水的評估，現(xiàn)為國家大學生文化素質(zhì)教育基地、國家理科基礎(chǔ)研究和教學人才培養(yǎng)基地以及中國大學生武術(shù)訓練基地。是為數(shù)不多的同時擁有三個人才培養(yǎng)基地的高校之一。學校還擁有全國規(guī)模最大的中醫(yī)藥博物館，同時也被上海市列為“十大科普基地”之一。

學校作為最早建立的高等中醫(yī)藥院校，50年來名醫(yī)薈萃，人才輩出。首任校長程門雪是我國著名的中醫(yī)學家和中醫(yī)教育家，代中國舉辦中醫(yī)學專門學校第一人，一大批聞名海上的名醫(yī)大家紛紛投身于學校的教學和臨床工作之中，其中不乏孟河學派、蔡氏婦科、徐氏兒科、顧氏外科的傳人。改革開放后，被列為國家中醫(yī)藥管理局全國名老中醫(yī)繼承班導師的就有10余人，上海市人民政府命名為“上海市名中醫(yī)”中90％以上為系統(tǒng)著名專家。在老一輩中醫(yī)學家的帶動下，年來，學校又有多名中青年學術(shù)骨干進入“國家百千萬人才”、“國家青年基金”、“教育部新世紀優(yōu)秀人才”、“上海市領(lǐng)軍人才”、“上海市醫(yī)學領(lǐng)軍人才”等高層次人才培養(yǎng)計劃，其數(shù)量居全國中醫(yī)藥院校領(lǐng)先地位，為學校可持續(xù)發(fā)展大俠了堅實的人才基礎(chǔ)。