是雙一流大學。雙一流大學一般指世界一流大學和一流學科。南京大學是世界一流大學建設高校，一流學科：哲學、中國語言文學、外國語言文學、物理學、化學、天文學、大氣科學、地質學、生物學、材料科學與工程、計算機科學與技術、化學工程與技術、礦業工程、環境科學與工程、圖書情報與檔案管理。

南京大學有13個進入ESI排名前1%的學科，分別是：化學、物理學、材料科學、地球科學、生物學與生物化學、臨床醫學、工程科學、環境科學與生態學、藥理學與毒理學、數學、動植物學、計算機科學和農業科學。

教育部公布全國第三輪學科評估結果，南京大學共有32個一級學科參評，其中27個一級學科進入前九，16個學科進入前五，9個學科進入前三，4個學科第二，3個學科第一，在C9高校中排名第三。

世界一流學科建設學科（15個）：哲學、中國語言文學、外國語言文學、物理學、化學、天文學、大氣科學、地質學、生物學、材料科學與工程、計算機科學與技術、化學工程與技術、礦業工程、環境科學與工程、圖書情報與檔案管理。