首都醫科大學王牌專業：臨床醫學、口腔醫學、護理學、生物醫學工程、預防醫學、藥學、中醫學等。

國家重點學科：外科學（神外）、眼科學、耳鼻咽喉科學、神經生物學、內科學（呼吸系病）、內科學（心血管病）、神經病學、兒科學。

國家重點（培育）學科：內科學（消化系病）、影像醫學與核醫學。

中國中醫藥管理局重點學科：中西醫結合、中醫眼科學、中醫心病學、中醫脾胃學、中醫腫瘤學、中醫皮膚病學、針灸學、中醫傳染病學（培育）、中醫瘡瘍病學、中醫急癥學、臨床中醫學、中醫絡病學（培育）、中醫傳染病學（培育）、中醫神志病學（培育）

交叉學科北京市重點學科：全科醫學